A Ciência é um conhecimento certo pelas causas. Cognitivo certa per causa, diziam os antigos. Também a Filosofia é um conhecimento certo pelas causas, e nisto participa da mesma natureza da Ciência. Mas, enquanto a Ciência só procura atingir a causas próximas dos fatos que estuda, a Filosofia tem como objeto as causas universais, isto é, causas primeiras desses fatos. Por isso é que se define a Filosofia como "o conhecimento natural que considera as causas primeiras ou as razões mais elevadas de todas as coisas." Vê-se, assim, que a Filosofia, tendo o mesmo objeto material da Ciência, o mundo, o homem e Deus, o considera de um ponto de vista formalmente diverso. Exemplificando: a alma humana é objeto material, tanto da Psicologia Experimental como da Psicologia Racional, que é uma parte da Filosofia. Mas, enquanto o objeto formal da Psicologia Experimental são, apenas, os fenômenos psíquicos e suas causas imediatas, a Psicologia Racional investiga as causas primeiras desses fenômenos, as suas razões mais altas, chegando, assim, à própria essência da alma. Outra exemplo: os corpos físicos são o objeto assim da Física, como da Filosofia, mas, enquanto a Física se limitará ao estudo das propriedades dos corpos e das leis que regem os fenômenos que neles se manifestam, ligando os fatos sensíveis pelas suas dependências e causalidades, a Filosofia procura descobrir, através desses fenômenos, a própria essência dos corpos, com o que atingirá a razão mais alta dos fenômenos observados. É que a Ciência só pode ir do visível ao visível, enquanto a Filosofia parte do visível para o invisível, pois que o seu objeto formal próprio se situa além do mundo dos fenômenos e da experiência sensível. Noutras palavras: a Ciência se limita ao domínio do que pode ser observado pelos sentidos, ao passo que a Filosofia se orienta para o conhecimento dos princípios que, por sua natureza mesma, escapam à percepção dos sentidos.